O Mistério de Maya é um documentário que conta a história de Maya Kowalski, uma garota de 10 anos diagnosticada com uma rara doença. Ao dar entrada às pressas em um hospital em 2016, queixando-se de fortes dores, Maya e seus pais, Jack e Beata, foram pegos de surpresa com uma notícia desoladora: por suspeitas da equipe médica acerca da relação familiar e dos cuidados com a garota, Maya foi colocada sob a custódia do Estado, e qualquer tipo de contato com os pais foi proibido. Com um fim trágico, a história volta à tona agora, seis anos depois, com o início do julgamento de um processo movido pelos Kowalski contra o hospital.
